История Notes. разворачивается в далёком будущем на Земле, которая была разрушена в ходе непрерывных войн и загрязнения. Всё живое на планете погибло, не считая людей, которые использовали передовые технологии для искусственной поддержки жизни. Так появились «модифицированные» люди, способные жить на руинах Земли, и А-Реи — существа, с помощью генной инженерии объединившие в себе людей и другие вымершие формы жизни.
Война между «модифицированными» и А-Реями окончательно добила то, что осталось от Земли, а также привела на грань исчезновения «модифицированных». Война также спровоцировала неожиданное появление восьми Аристотелей, единственной целью которых стало уничтожение оставшейся жизни на мёртвой планете.
